Johann blev gift med Cathrine Nielsine Conradine Grove 18 okt. 1833, Holmens Kirke, København. Cathrine (datter af Conrad Grove og Karen Marie Madsdatter Nielsen) blev født 11 sep. 1817, Nyborg; døde 9 nov. 1893, Alm. Hospital, København; blev begravet 15 nov. 1893, Assistens Kirkegård. [Gruppeskema]

1. Caroline Henriette Conradine Elisabeth Müller blev født 5 okt. 1834; blev døbt 12 dec. 1834.
2. Marie Wilhelmine Friederike Conradine Muller blev født 12 sep. 1836; blev døbt 23 dec. 1836; døde 1847.
3. Johanne Betty Conradine Georgine Møller blev født 9 jan. 1837.
4. Johan Conrad Friederich Ludwig Müller blev født 18 jun. 1839; blev døbt 9 aug. 1839; døde 2 mar. 1890.
5. Carl Friederich Conrad Viktor Müller blev født 2 apr. 1841; blev døbt 18 jul. 1841.
6. Charlotte Mathilde Conradine Muller blev født 30 jul. 1843; blev døbt 25 aug. 1843.
7. Wilhelmine Conradine Caroline Møller blev født 13 feb. 1844.
8. Josephine Karensigne Muller blev født 22 jan. 1845.
9. NN Müller blev født 22 jan. 1845; døde 22 jan. 1845.
10. Peter Conrad Møller blev født 4 aug. 1846; blev døbt 11 sep. 1846.
11. Conrad Henrik Moller blev født 24 sep. 1848; blev døbt 12 nov. 1848.
12. Mary Frederikke Conradine Moller blev født 9 jul. 1850; blev døbt 26 jul. 1850.
13. Alvilda Augusta Nielsine Møller blev født 7 mar. 1852; døde 1868.
14. Mathilde Josephine Møller blev født 13 apr. 1853; blev døbt 10 jun. 1853.
15. Hans Jørgen Conrad Møller blev født 17 feb. 1855; blev døbt 12 jun. 1855; døde 12 aug. 1908, Kommunehospitalet; blev begravet 18 aug. 1908.
16. Constanze Mathilde Jacobine Møller blev født 27 apr. 1859; blev døbt 13 jun. 1859.
17. Andreas Conrad Møller blev født 2 okt. 1861; blev døbt 13 dec. 1861, Trinitatis.

Johann blev gift med Dorothea Henrietta Wenzel 10 sep. 1799, Sct Lucas kirke, Pattensen, Hannover. [Gruppeskema]